Apesar da receita mundial na ordem dos 465 milhões de dólares e um reconhecimento positivo dado pela crítica, Star Trek Into Darkness não livrou-se de um ciclo sombrio. O final do filme incomodou os fãs mais conservadores e a verão Blu-ray, preparada pela Paramount, contem conteúdos exclusivos espalhados em várias edições. A última nódoa sobre o trabalho de marketing da franchise foi aplicada pelo próprio J.J. Abrams (realizador), que lamentou o impacto negativo do videojogo Star Trek sobre o filme.
O projecto da Digital Extremes, uma aventura na terceira pessoa, inspirada no universo Star Trek (contou com Chris Pine e Zachary Quinto nos elenco vocal de Kirk e Spock), não seguiu a história do filme e acumulou análises muito negativas por parte da imprensa especializada.
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